自從最初的 MES 系統問世至今，成本已大幅降低，但所需的投資仍相當可觀。因此，必須建立有說服力的商業案例以證明專案的合理性。
「這是 Elekta 嶄新的數位未來的起點。MES 已帶來回報，包括節省成本、提高效率和簡化法規遵循。我們也受益於釋放資源，讓我們能夠實現更多創新，並且更快速地回應客戶的需求。」
Mark Kaak Elekta Limited 全球製造副總裁
MES 可分成四個類別：品質、生產力、法規遵循、敏捷性。
改善每個類別的績效指標都會產生效益，能以一定程度的準確性計算其價值。建置 MES 後，所有效益都會累積。
與良率和產品效能改進相關的效益，會影響客戶滿意度。
與使用相同資源獲得更高產出，或使用較少資源獲得相同產出相關的效益。
與強制遵守國家及／或產業法規（例如美國醫療器材的 FDA CFR 第 21 部分）相關的效益。
與導入新產品或改良產品和製程的時間和成本相關的效益。
為了確保可靠的 ROI，必須將解決方案的成本以及任何新的或擴展的基礎架構需求納入考量。就 MES 而言，這包括硬體、軟體、專案和人員的成本。
經常性成本（如果在折舊期間結束時未更新硬體，則不會產生）。
在專案執行過程中的一次性成本。
也提供以月費／年費或按使用付費模式為基礎的其他授權模式。
專案執行之後的每年經常性成本。
通常包括取得新的軟體版本和產品支援。
在專案執行過程中的一次性成本。
通常，MES 建置會隨著企業成長、要求改變以及日後對額外功能的需求而演變。大多數的服務和成本都與 MES 導入相關。
在專案執行過程中的一次性成本。
營運 MES 利用是內部員工日常工作的一部分。
必須由關鍵使用者支援 MES 建置專案。
